Por Fran Iniesta, farmacéutico y formador en gestión e inteligencia artificial para oficinas de farmacia · Última revisión: 8 de noviembre de 2026
El titular de una farmacia tributa como empresario persona física: paga IRPF por el rendimiento de la farmacia en estimación directa, está en el recargo de equivalencia del IVA, se da de alta en el IAE (epígrafe 652.1) aunque está exento por ser persona física y cotiza como autónomo. Pagar menos impuestos de forma legal pasa por deducir todos los gastos de la actividad, amortizar bien, elegir con cabeza la modalidad de estimación directa, aprovechar el plan de pensiones de autónomos y planificar con años de antelación la compra, la venta o la jubilación.
Fiscalidad del titular de farmacia, en 30 segundos
- IRPF: estimación directa simplificada si facturas 600.000 € o menos al año (5 % de gastos de difícil justificación, máximo 2.000 €); normal por encima.
- IVA: recargo de equivalencia en las compras; sin declaraciones de IVA por las ventas, salvo servicios en régimen general.
- IAE: alta en el epígrafe 652.1, exento por ser persona física.
- Pagos a cuenta: modelo 130 cada trimestre, el 20 % del rendimiento neto acumulado.
- Palancas legales: gastos bien documentados, amortizaciones, plan de pensiones (hasta 5.750 € al año entre individual y de empleo simplificado), salario de familiares que trabajan de verdad y planificación de la transmisión.
Qué impuestos paga el titular de una farmacia
| Impuesto u obligación | Cómo se aplica a la farmacia |
|---|---|
| IRPF por la actividad | Rendimiento neto de la farmacia (ingresos − gastos deducibles) en estimación directa. Pagos fraccionados con el modelo 130 y declaración anual. |
| IVA | Recargo de equivalencia: el proveedor cobra el IVA y un recargo (0,5 %, 1,4 % o 5,2 %). No hay modelo 303 por las ventas; sí por servicios que tributan en régimen general. |
| IAE | Alta en el epígrafe 652.1 (farmacias). Las personas físicas están exentas de pagar el impuesto. |
| Retenciones como empleador | Modelo 111 por las nóminas y los profesionales; 115 si alquilas el local y hay retención. |
| Seguridad Social | Cuota de autónomo del titular, según sus rendimientos netos. |
| Facturación | Factura o ticket de todas las ventas por estar en estimación directa, con programa adaptado a Verifactu antes del 1 de julio de 2027. |
Las fechas de cada modelo y los libros obligatorios están en la guía de contabilidad de farmacia. Lo de Verifactu, en Verifactu en farmacias.
Estimación directa normal o simplificada
| Simplificada | Normal | |
|---|---|---|
| Quién | Cifra de negocios del año anterior de 600.000 € o menos, salvo renuncia | Por encima de 600.000 € o si renuncias a la simplificada |
| Gastos de difícil justificación | 5 % del rendimiento neto, con un máximo de 2.000 € al año | No hay |
| Amortizaciones | Tabla simplificada | Tablas del Impuesto sobre Sociedades |
| Libros | Registros fiscales del IRPF | Contabilidad según el Código de Comercio |
La mayoría de farmacias medianas y grandes supera los 600.000 € y está en la normal. Si estás cerca del límite, pregunta a tu asesor qué te conviene: la diferencia rara vez pasa de esos 2.000 €.
Gastos deducibles de una farmacia
- Compras de mercancía, con su IVA y su recargo, porque en recargo de equivalencia forman parte del coste.
- Personal: nóminas y Seguridad Social de la empresa.
- Tu cuota de autónomo.
- Local: alquiler, comunidad, IBI y seguros. Si el local es tuyo, su amortización (excluido el suelo).
- Suministros, software, mantenimiento del robot y de los equipos.
- Asesoría, colegio, formación vinculada a la actividad y seguros de responsabilidad civil.
- Intereses del préstamo de compra de la farmacia (la devolución del capital no).
- Amortizaciones de mobiliario, instalaciones, robot y equipos, y deducción del fondo de comercio con un máximo del 5 % al año.
- Marketing y publicidad de la farmacia.
Cómo pagar menos impuestos legalmente
| Palanca | Cómo funciona | Ojo con |
|---|---|---|
| Deducir todo lo que es de la farmacia | Revisa con tu asesor cada trimestre que no se queda ningún gasto fuera | Facturas a nombre de la farmacia y del titular |
| Amortizar bien | Reparto correcto del precio de compra entre fondo de comercio, mobiliario e instalaciones en la escritura | Lo amortizado reduce el valor de adquisición cuando vendas |
| Plan de pensiones de autónomo | Hasta 1.500 € en un plan individual y 4.250 € más en un plan de empleo simplificado de autónomos, con el límite del 30 % de tus rendimientos | El dinero queda inmovilizado hasta la jubilación y al rescatarlo tributa |
| Familiares que trabajan en la farmacia | El sueldo del cónyuge o de un hijo es gasto si hay contrato laboral, alta y trabajo real | Sueldo de mercado; si no, Hacienda lo rechaza |
| Inversiones en el momento oportuno | Robot, reforma o equipos generan amortización en los años con más beneficio | Invertir solo por pagar menos impuestos no compensa |
| Local a través de otra estructura | Algunos titulares tienen el local en una sociedad patrimonial que se lo alquila a la farmacia | Precio de mercado y coste de mantener la sociedad: estúdialo con números |
| Planificar la transmisión | Venta, donación o herencia tienen tratamientos muy distintos | Decidirlo años antes, no el año de la jubilación |
Calculadora: cuánto te ahorra un gasto o una aportación
Un gasto deducible o una aportación al plan de pensiones te ahorran impuestos a tu tipo marginal. Esta calculadora usa la escala general de referencia de 2026 (estatal más autonómica estándar). Tu comunidad puede tener tipos algo distintos.
Tu tipo marginal aproximado: 45 %
Ahorro aproximado en el IRPF: 2.588 €
Tramos de referencia 2026: 19 % hasta 12.450 €, 24 % hasta 20.200 €, 30 % hasta 35.200 €, 37 % hasta 60.000 €, 45 % hasta 300.000 € y 47 % a partir de ahí. Cálculo simplificado: si el gasto te hace bajar de tramo, el ahorro real es algo menor. Un gasto solo tiene sentido si lo necesitas: ahorrar el 45 % de algo que no necesitas es perder el 55 %.
Lo que mira Hacienda en una farmacia
- Cuadre entre compras, existencias y ventas. Si las compras y el margen no casan con las ventas declaradas, Hacienda puede estimar los ingresos. Haz inventario real al cierre de cada ejercicio.
- Facturación al Servicio de Salud frente a la venta declarada.
- Gastos personales metidos en la actividad.
- Familiares en nómina sin trabajo real.
- Servicios que deberían ir en régimen general de IVA (cesión de espacios a laboratorios, ciertos servicios profesionales).
Compra, venta y jubilación: donde más se juega
Las decisiones fiscales más caras de un titular se toman pocas veces: al comprar (cómo se reparte el precio en la escritura), al vender (la ganancia patrimonial tributa entre el 19 % y el 30 %) y al jubilarse o transmitir a un hijo. Tienes los números de la venta, con calculadora, en vender una farmacia, y los de la compra en cómo comprar una farmacia y financiación de la compra.
Preguntas frecuentes
¿Cómo tributa una farmacia?
El titular paga IRPF por el rendimiento de la farmacia en estimación directa, está en recargo de equivalencia en el IVA, se da de alta en el IAE aunque está exento y cotiza como autónomo.
¿Qué epígrafe del IAE tiene una farmacia?
El 652.1, farmacias: comercio al por menor de medicamentos, productos sanitarios y de higiene personal. Las personas físicas están exentas de pagar el impuesto, pero deben darse de alta.
¿Una farmacia está en estimación directa normal o simplificada?
En la simplificada si su cifra de negocios del año anterior no supera 600.000 € y no renuncia; si no, en la normal.
¿Qué gastos puede deducir un farmacéutico titular?
Compras, personal, su cuota de autónomo, local, suministros, software, asesoría, formación, seguros, intereses del préstamo de compra, amortizaciones y el fondo de comercio con un máximo del 5 % anual.
¿Cuánto puede aportar un titular de farmacia al plan de pensiones?
Hasta 1.500 € al año a un plan individual y 4.250 € más a un plan de pensiones de empleo simplificado de autónomos, con el límite del 30 % de sus rendimientos netos.
¿Puedo contratar a mi cónyuge en la farmacia?
Sí. Su sueldo es deducible si tiene contrato laboral, está de alta y trabaja de verdad en la farmacia, con una retribución de mercado.
Fuentes
- Agencia Tributaria: estimación directa normal y simplificada (Renta 2025).
- fiscal-impuestos.com: farmacias, recargo de equivalencia y estimación directa (consulta V0981-25).
- El Farmacéutico: oficina de farmacia y recargo de equivalencia.
- BBVA Mi Jubilación: límites del plan de pensiones de empleo simplificado para autónomos.
- Wolters Kluwer: tramos del IRPF 2026.
- Ley 35/2006, del IRPF.
- Real Decreto Legislativo 2/2004, Ley de Haciendas Locales (exención del IAE para personas físicas, art. 82).
Francisco Javier Iniesta Fajardo
Farmacéutico y fundador de Farmaceando. Forma en inteligencia artificial y gestión a farmacéuticos, Colegios de Farmacéuticos y laboratorios; docente en ThePowerMBA y UDIMA.
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