Contabilidad de farmacia: libros obligatorios, balances, impuestos y ratios clave (guía 2026)

La contabilidad de una farmacia es la de un empresario persona física que tributa en el IRPF por estimación directa y en el IVA por recargo de equivalencia. Si la cifra de negocios del año anterior supera los 600.000 €, la farmacia está en estimación directa normal y tiene que llevar una contabilidad completa según el Código de Comercio y el Plan General de Contabilidad. Por debajo, puede ir por estimación directa simplificada con libros registro.

En esta guía tienes los libros obligatorios (contables, fiscales y sanitarios), cómo se contabilizan las recetas, el inventario y el recargo de equivalencia, un plan de cuentas básico, cómo leer el balance y la cuenta de resultados con datos de referencia del sector, los ratios que debes seguir cada mes y el calendario fiscal completo.

Contabilidad de farmacia, en 30 segundos

• Régimen: IRPF en estimación directa (normal si facturas más de 600.000 €, simplificada si no) e IVA en recargo de equivalencia.
• Libros: contables (Diario e Inventarios y cuentas anuales, o libros registro en simplificada) y sanitarios (libro recetario y libro de contabilidad de estupefacientes).
• IVA: no presentas el 303 por las ventas de productos, pero sí por los servicios que tributen en régimen general.
• Facturación: tu programa de facturación debe cumplir el reglamento Verifactu antes del 1 de julio de 2027.
• Referencias del sector: según el informe ASPIME con datos del IRPF de 2021, el margen bruto de las farmacias estaba entre el 28 % y el 32 % de las ventas y el beneficio antes de impuestos, entre el 9 % y el 13 %.

Última revisión: noviembre de 2026.

Cómo tributa una farmacia

El titular de una farmacia es un farmacéutico persona física que ejerce una actividad empresarial. Por eso tributa en el IRPF por sus rendimientos de actividades económicas, siempre en estimación directa, y en el IVA, como comerciante minorista, en el régimen especial del recargo de equivalencia. Así lo recuerda la Dirección General de Tributos en su consulta V0981-25, de junio de 2025, sobre la facturación de las farmacias.

	Estimación directa normal	Estimación directa simplificada
Quién	Obligatoria si la cifra de negocios del año anterior supera los 600.000 €, o si renuncias a la simplificada	Si la cifra de negocios del año anterior no supera los 600.000 €
Contabilidad	Ajustada al Código de Comercio y al Plan General de Contabilidad	Libros registro de ventas e ingresos, compras y gastos y bienes de inversión
Gastos de difícil justificación	No se aplican	Deducción adicional limitada que fija la ley del IRPF
Pagos a cuenta	Modelo 130 trimestral	Modelo 130 trimestral

Con una facturación media de 1.184.464 € a PVP en 2025, según IQVIA, una parte importante de las farmacias está en estimación directa normal. Si la farmacia es de varios cotitulares, lo habitual es que tributen como comunidad de bienes en régimen de atribución de rentas: la comunidad presenta la declaración informativa (modelo 184) y cada cotitular declara su parte en su IRPF.

Libros obligatorios en una farmacia

Una farmacia lleva tres tipos de libros: los contables, los fiscales y los sanitarios.

Tipo	Libro	Cuándo es obligatorio
Contable	Libro Diario y libro de Inventarios y Cuentas Anuales (art. 25 del Código de Comercio)	Estimación directa normal
Fiscal (IRPF)	Libros registro de ventas e ingresos, de compras y gastos y de bienes de inversión	Estimación directa simplificada
Fiscal (IVA)	Libros registro de IVA	Solo para las actividades que tributen en régimen general, por ejemplo determinados servicios; las ventas en recargo de equivalencia no los necesitan
Sanitario	Libro recetario: fórmulas magistrales, psicótropos y otros medicamentos de especial control	Siempre, en papel o electrónico si tu comunidad lo autoriza
Sanitario	Libro de contabilidad de estupefacientes: entradas, salidas y existencias de estupefacientes	Siempre que tengas estupefacientes; puede llevarse en formato electrónico

El Real Decreto 1675/2012 actualizó el libro de contabilidad de estupefacientes y permite sustituirlo por registros electrónicos. Cada comunidad autónoma regula cómo se autoriza el formato electrónico.

Facturación y Verifactu en la farmacia

Aunque el recargo de equivalencia exime, en general, de expedir factura a efectos del IVA, la DGT concluyó en la consulta V0981-25 que el farmacéutico que tributa en estimación directa está obligado a expedir factura por todas sus operaciones y conservar copia, conforme al reglamento de facturación. Y si usa un programa informático para facturar, ese programa debe cumplir el Reglamento Verifactu (Real Decreto 1007/2023).

El Real Decreto-ley 15/2025, convalidado por el Congreso el 11 de diciembre de 2025, aplazó la obligación: los contribuyentes del IRPF, como los titulares de farmacia, deben tener adaptados sus sistemas de facturación antes del 1 de julio de 2027. Pide ya a tu proveedor de programa de gestión su declaración responsable de cumplimiento. Qué cambia en el mostrador y qué preguntarle al proveedor, en Verifactu en farmacias.

IVA y recargo de equivalencia en la farmacia

En el recargo de equivalencia tu proveedor te cobra el IVA más un recargo, y con eso queda pagado todo el IVA de tus ventas. A cambio, no deduces el IVA soportado ni presentas autoliquidaciones de IVA por esas ventas.

Tipo de IVA	Recargo de equivalencia	Ejemplos
4 %	0,5 %	Medicamentos de uso humano; compresas, tampones y protegeslips; preservativos y anticonceptivos no medicamentosos
10 %	1,4 %	Medicamentos de uso veterinario; gafas y lentes de contacto; productos sanitarios para suplir deficiencias físicas; complementos alimenticios y otros alimentos
21 %	5,2 %	Cosmética y dermocosmética, higiene general, accesorios y la mayoría del resto de la parafarmacia

El tipo depende del producto concreto, no de dónde se venda: un mismo artículo lleva el mismo IVA en la farmacia y en la parafarmacia. Ante la duda con una referencia, consulta la ficha del proveedor o a tu asesor; la Dirección General de Tributos ha resuelto muchas consultas producto a producto.

En contabilidad, el IVA y el recargo soportados forman parte del coste de las compras. Ojo con los servicios (por ejemplo, determinados servicios profesionales farmacéuticos o la cesión de espacios a laboratorios): no entran en el recargo de equivalencia y, si no están exentos, tributan en régimen general, con su modelo 303 y sus libros de IVA. Revísalo con tu asesor para cada servicio.

Cómo contabilizar las recetas en la farmacia

La venta con receta pública se cobra en dos partes: la aportación que paga el paciente en el mostrador y el importe a cargo del servicio de salud o de la mutualidad. Este último se factura mensualmente a través del colegio de farmacéuticos, que liquida a la farmacia después de aplicar las deducciones que correspondan. Para que la contabilidad cuadre:

• Registra la venta en el mes en que se dispensa, no cuando cobras, y crea un saldo a cobrar por organismo: servicio de salud de tu comunidad, MUFACE, ISFAS, MUGEJU y otros.
• Separa las deducciones: las deducciones por volumen de facturación del Real Decreto 823/2008 reducen el ingreso; contabilízalas aparte para ver su peso real.
• Concilia cada liquidación del colegio con lo facturado: recetas devueltas, nulas o pendientes y diferencias de precio.
• Índice corrector: si tu farmacia tiene viabilidad económica comprometida (VEC), el índice corrector del mismo real decreto es un ingreso que debes registrar por separado.

Plan de cuentas básico de una farmacia

Estas son las cuentas del Plan General de Contabilidad que más se usan en una farmacia en estimación directa normal:

Cuenta	Nombre	Uso en la farmacia
204	Fondo de comercio	Parte del precio pagado al comprar la farmacia que no corresponde a otros activos
300	Mercaderías	Stock de medicamentos y parafarmacia al cierre
600	Compras de mercaderías	Compras a distribuidoras y laboratorios, con IVA y recargo incluidos
609	Rappels por compras	Descuentos por volumen de laboratorios y distribuidoras
610	Variación de existencias de mercaderías	Diferencia entre el stock inicial y el final
621	Arrendamientos y cánones	Alquiler del local, renting y leasing operativo
628	Suministros	Luz, agua y telecomunicaciones
629	Otros servicios	Gastos que no encajan en otras cuentas del grupo 62: viajes, material de oficina, cuotas del colegio y similares
640 y 642	Sueldos y Seguridad Social a cargo de la empresa	Coste de la plantilla
680 y 681	Amortizaciones	Del fondo de comercio y otros intangibles (680) y de mobiliario, robot y equipos (681)
700	Ventas de mercaderías	Ventas de mostrador y recetas
430	Clientes	Saldos a cobrar del servicio de salud y mutualidades

Inventario y existencias en la farmacia

El stock es el activo más grande de la farmacia después del fondo de comercio y el que más distorsiona el resultado si se valora mal. Así se trabaja:

1. Recuento físico al cierre del ejercicio (y, mejor, por secciones a lo largo del año), cuadrándolo con el stock del programa de gestión. El Código de Comercio exige el inventario de cierre en el libro de Inventarios y Cuentas Anuales.
2. Valoración a precio de adquisición: el precio de compra con los descuentos en factura, por precio medio ponderado o por el método FIFO, aplicados de forma constante.
3. Caducados y productos sin rotación: retíralos del inventario o registra su deterioro; no deben inflar el valor del stock.
4. Asiento de cierre: se da de baja el stock inicial y se registra el final a través de la cuenta 610 de variación de existencias.

Un inventario fiable es la base para calcular bien el margen bruto. Si quieres ir más allá, la gestión económica de la farmacia explica cómo usar esos datos para comprar mejor.

Balance y cuenta de resultados de una farmacia

El balance es la foto del patrimonio a una fecha y la cuenta de resultados, la película de lo que ha ganado la farmacia en el ejercicio.

Balance	Qué incluye en una farmacia
Activo no corriente	Fondo de comercio, mobiliario, instalaciones, robot y equipos informáticos, menos su amortización acumulada
Activo corriente	Stock, saldos a cobrar del servicio de salud y mutualidades, y tesorería
Patrimonio neto	Aportaciones del titular y resultados acumulados
Pasivo	Préstamo de compra de la farmacia, deudas con distribuidoras y laboratorios, Hacienda y Seguridad Social

Referencias del sector para comparar tu cuenta de resultados

El informe ASPIME, publicado por la revista El Farmacéutico en 2023 con datos fiscales del IRPF de 2021, da estas referencias por tramo de facturación:

Facturación anual	Margen bruto	Personal sobre ventas	Beneficio antes de impuestos
Menos de 300.000 €	28,24 %	5,90 %	12,89 %
300.001 a 600.000 €	30,14 %	9,72 %	11,84 %
600.001 a 900.000 €	31,17 %	10,90 %	10,16 %
900.001 a 1.200.000 €	31,58 %	11,26 %	9,84 %
1.200.001 a 2.000.000 €	31,91 %	12,00 %	9,69 %
Más de 2.000.000 €	31,07 %	12,45 %	9,35 %

Ten en cuenta que son datos fiscales: el sueldo del titular no es un gasto, así que el beneficio antes de impuestos incluye su retribución. Úsalos como orientación, no como objetivo, y compara siempre con farmacias de tu misma tipología. Para analizar a fondo la tuya, revisa la guía de rentabilidad de una farmacia en España y la calculadora de rentabilidad.

Cómo analizar el balance y la cuenta de resultados de tu farmacia

1. Compara tres ejercicios seguidos, no uno. Una farmacia se juzga por la tendencia.
2. Calcula el margen bruto real (ventas − coste de lo vendido, con la variación de existencias) y sepáralo entre receta y venta libre.
3. Mira el peso del personal sobre ventas y compáralo con farmacias de tu tramo.
4. Revisa el circulante: días de stock, lo que te debe el Servicio de Salud y lo que debes a proveedores.
5. Mide la deuda: cuánto queda del préstamo de compra y cuántos años de beneficio supone.

Así se vería una cuenta de resultados resumida. Es un ejemplo inventado, con proporciones parecidas a las del informe ASPIME para una farmacia de ese tamaño:

Concepto	Importe	% sobre ventas
Ventas netas sin IVA	900.000 €	100 %
Coste de las ventas	621.000 €	69 %
Margen bruto	279.000 €	31 %
Personal con Seguridad Social	99.000 €	11 %
Local, suministros, software, asesoría y otros	63.000 €	7 %
Amortizaciones (incluido fondo de comercio)	27.000 €	3 %
Beneficio antes de impuestos (incluye la retribución del titular)	90.000 €	10 %

La caja del titular no coincide con el beneficio: hay que sumar las amortizaciones, que no son salida de dinero, y restar la parte de capital que devuelves del préstamo de compra, que no es gasto. Por eso una farmacia con buen beneficio puede ir justa de tesorería los primeros años. Haz la cuenta con tus datos en la calculadora de rentabilidad de una farmacia.

Ratios que debes seguir cada mes

Ratio	Cómo se calcula	Para qué sirve
Margen bruto	(Ventas − coste de las ventas) ÷ ventas	Medir lo que deja cada euro vendido después de pagar el producto
Gasto de personal sobre ventas	Coste total de la plantilla ÷ ventas	Controlar el mayor gasto de la farmacia
Días de stock	Stock medio a coste ÷ coste de las ventas × 365	Saber cuánto dinero tienes inmovilizado en el almacén
Periodo medio de pago	Deuda con proveedores ÷ compras × 365	Vigilar la tesorería y negociar plazos
Peso de la receta	Ventas con receta pública ÷ ventas totales	Conocer tu dependencia del margen regulado
EBITDA	Resultado antes de intereses, impuestos y amortizaciones	Comparar la capacidad de generar caja y pagar la deuda
Cobertura de la deuda	EBITDA ÷ cuota anual del préstamo	Comprobar que la farmacia puede pagar su financiación

Lo ideal es cerrar la contabilidad cada mes y revisar estos ratios con tu asesor o tu equipo, no solo una vez al año. Tienes el método completo en la guía de gestión de farmacia.

Calendario fiscal de una farmacia

Modelo	Qué es	Cuándo
130	Pago fraccionado del IRPF	Trimestral: hasta el 20 de abril, julio y octubre, y el 30 de enero
111	Retenciones de nóminas y profesionales	Trimestral, en los mismos plazos (el del cuarto trimestre, hasta el 20 de enero)
115	Retenciones del alquiler del local	Trimestral, si el local es alquilado y el arrendamiento está sujeto a retención
303	IVA de actividades en régimen general	Trimestral, solo si prestas servicios que tributan fuera del recargo de equivalencia
190 y 180	Resúmenes anuales de retenciones	Enero
184	Declaración de la comunidad de bienes	Enero, si hay cotitulares en atribución de rentas
347	Operaciones con terceros de más de 3.005,06 €	Febrero
100	Declaración de la renta	De abril a finales de junio

Comprueba cada año las fechas exactas en el calendario del contribuyente de la Agencia Tributaria, porque cambian si el último día cae en festivo.

Fondo de comercio si has comprado la farmacia

Si compraste la farmacia, la parte del precio que no corresponde a mobiliario, instalaciones y stock es fondo de comercio. En estimación directa puedes deducirlo con el límite anual del 5 % de su importe (art. 12.2 de la Ley 27/2014 del Impuesto sobre Sociedades, aplicable en el IRPF). Por eso es clave que la escritura de compra reparta el precio entre fondo de comercio, mobiliario e instalaciones y stock. Lo explicamos en la guía de impuestos al comprar una farmacia.

Ejemplo	Importe
Precio de compra de la farmacia (sin local ni stock)	800.000 €
Mobiliario e instalaciones según la escritura	100.000 €
Fondo de comercio	700.000 €
Deducción máxima al año (5 %)	35.000 €
Ahorro aproximado en IRPF al 45 % de tipo marginal	unos 15.750 € al año
Años para deducirlo entero	20

Ojo: lo que deduces cada año rebaja el valor de adquisición cuando vendas, así que aumenta la ganancia patrimonial de la venta. Si la farmacia llega por herencia o donación, no hay fondo de comercio que deducir. Tienes la cuenta completa, con calculadora, en vender una farmacia, y las demás palancas fiscales del titular en fiscalidad del titular de farmacia.

Asesoría contable para farmacias: qué pedirle

La mayoría de titulares delega la contabilidad en una asesoría. Da igual que esté en tu ciudad o en otra: lo importante es que conozca el sector. Pídele:

• Experiencia en farmacias: recargo de equivalencia, liquidaciones del colegio, deducciones del Real Decreto 823/2008 y fondo de comercio.
• Cierre mensual con cuenta de resultados y ratios, no solo los impuestos trimestrales.
• Conexión con tu programa de gestión para importar ventas, compras y stock sin teclear a mano.
• Planificación fiscal antes de fin de año: inversiones, amortizaciones y previsión del IRPF.
• Adaptación a Verifactu y revisión de cómo tributan tus servicios.
• Precio cerrado y claro sobre lo que incluye y lo que no.

	Llevarla en la farmacia	Asesoría externa
Control del día a día	Máximo	Depende de la información que envíes
Conocimiento fiscal	Tienes que formarte	Incluido
Tiempo del titular	Alto	Bajo
Riesgo de errores	Mayor si no tienes formación contable	Menor con una asesoría especializada

Errores frecuentes en la contabilidad de una farmacia

1. Contabilizar las recetas cuando se cobran y no cuando se dispensan.
2. No conciliar las liquidaciones del colegio y perder recetas devueltas o diferencias.
3. Valorar el stock a precio de venta o sin descontar caducados.
4. Tratar como deducible el IVA soportado en compras en recargo de equivalencia.
5. Olvidar que los servicios pueden tributar en régimen general.
6. No repartir el precio de compra y perder la deducción del fondo de comercio.
7. Mirar la contabilidad solo para pagar impuestos y no para gestionar.

Relacionado: cuánto tiempo guardar facturas y libros: gestión documental en la farmacia.

Te puede interesar: el recargo de equivalencia en farmacia.

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Preguntas frecuentes sobre la contabilidad de una farmacia

¿Cómo se lleva la contabilidad de una farmacia?

Como la de un empresario persona física: en estimación directa normal, con contabilidad completa según el Código de Comercio y el Plan General de Contabilidad; en simplificada, con libros registro. Además, se concilian cada mes las recetas con el colegio y se valora el stock al cierre.

¿Qué libros son obligatorios en una farmacia?

Los contables (Diario e Inventarios y Cuentas Anuales en estimación directa normal, o libros registro en simplificada) y los sanitarios: el libro recetario y el libro de contabilidad de estupefacientes, que pueden llevarse en formato electrónico.

¿Una farmacia tributa en estimación directa normal o simplificada?

En normal si la cifra de negocios del año anterior supera los 600.000 €; si no, puede ir por simplificada. Las farmacias no tributan por módulos.

¿Una farmacia presenta el modelo 303?

No por las ventas de productos, porque está en recargo de equivalencia. Sí lo presenta si presta servicios que tributan en régimen general de IVA.

¿Qué recargo de equivalencia pagan las farmacias?

Un 0,5 % sobre los productos al 4 % de IVA, como los medicamentos; un 1,4 % sobre los del 10 % y un 5,2 % sobre los del 21 %.

¿Qué es la cuenta 629 en contabilidad?

La cuenta 629 del Plan General de Contabilidad es «Otros servicios»: recoge los gastos de servicios que no encajan en otras cuentas del grupo 62, como viajes, material de oficina o cuotas.

¿Cuánto factura una farmacia al mes?

Según IQVIA, una farmacia española facturó de media 1.184.464 € a PVP en 2025, unos 98.700 € al mes. La mitad de las farmacias promedia 653.974 € al año, unos 54.500 € al mes.

¿Cómo se hacen los inventarios en una farmacia?

Con un recuento físico, como mínimo al cierre del ejercicio, cuadrado con el programa de gestión y valorado a precio de adquisición, retirando caducados y productos sin rotación.

¿Las farmacias tienen que adaptarse a Verifactu?

Sí, si facturan con un programa informático. Los titulares que tributan en el IRPF deben tener sus sistemas adaptados antes del 1 de julio de 2027, según el Real Decreto-ley 15/2025.

¿Cuál es el margen bruto de una farmacia?

Según el informe ASPIME con datos del IRPF de 2021, entre el 28 % y el 32 % de las ventas según el tramo de facturación.

¿Se puede deducir el fondo de comercio de una farmacia?

Sí. Si compraste la farmacia y tributas en estimación directa, puedes deducir el fondo de comercio con el límite anual del 5 % de su importe.

¿Cuánto cuesta una asesoría contable para farmacias?

Depende del volumen de la farmacia, de si incluye nóminas y de si hace cierres mensuales. Pide un precio cerrado que detalle qué servicios incluye.

Relacionado: cómo se calcula lo que cobras de recetas: facturación de recetas y escala de deducciones.

Fuentes y normativa

• Código de Comercio (arts. 25 a 28, libros y contabilidad).
• Plan General de Contabilidad (Real Decreto 1514/2007).
• Real Decreto 823/2008, márgenes, deducciones y descuentos de la dispensación.
• Real Decreto 1675/2012, recetas de estupefacientes y libro de contabilidad.
• Real Decreto 1007/2023, Reglamento Verifactu y Real Decreto-ley 15/2025.
• Dirección General de Tributos, consulta V0981-25, de 10 de junio de 2025, sobre la facturación de las farmacias.
• Informe ASPIME (El Farmacéutico, n.º 619, marzo de 2023) e IQVIA, mercado de la farmacia española (datos de 2025).

Esta guía es informativa y no sustituye el asesoramiento contable y fiscal de tu caso.