Amortización del fondo de comercio de la farmacia: 5 % al año y calculadora

Por Fran Iniesta, farmacéutico y formador en gestión e inteligencia artificial para oficinas de farmacia · Última revisión: 8 de noviembre de 2026

Cuando compras una farmacia, la mayor parte del precio es fondo de comercio: la autorización, la clientela y la ubicación. En el IRPF del titular ese fondo de comercio se puede deducir como gasto con un máximo del 5 % al año (una veinteava parte), así que tarda 20 años en deducirse entero. Con un fondo de comercio de 1.000.000 € son 50.000 € de gasto cada año, que a un tipo marginal del 45 % suponen unos 22.500 € menos de impuestos al año.

Qué es el fondo de comercio de una farmacia

Es la parte del precio que pagas por lo que no se ve: la autorización administrativa, la clientela, la ubicación y la facturación que ya genera la farmacia. Se calcula restando al precio total el valor de lo que sí se puede tocar y contar:

Para saber cómo se fija el precio total, mira cuánto vale una farmacia y cómo comprar una farmacia.

Cuánto se puede deducir y en cuántos años

El rendimiento de la farmacia en estimación directa se calcula con las normas del Impuesto sobre Sociedades (art. 28 de la Ley del IRPF). Y esa ley dice que la amortización del fondo de comercio es deducible con el límite anual de la veinteava parte de su importe, el 5 %. Es un máximo: puedes deducir menos un año, pero lo que no deduzcas no se recupera por encima del 5 % de los años siguientes.

Calculadora: cuánto te ahorras en el IRPF

Cómo repartir el precio en la escritura

El reparto entre existencias, mobiliario y fondo de comercio tiene que quedar escrito y justificado en el contrato de compraventa, con un inventario del stock el día del cambio y una relación de los bienes. Un reparto razonable y documentado evita discusiones con Hacienda: inflar el mobiliario para amortizar más rápido o meter las existencias dentro del fondo de comercio son errores habituales que se revisan en las comprobaciones.

Tu financiación también se ve afectada: el préstamo se suele pedir sobre el precio total, pero la deducción va por partes. Mira financiación para comprar una farmacia.

Herencia, donación y cotitularidad

• Herencia o donación: no hay un precio pagado y el tratamiento del fondo de comercio cambia. Revísalo con tu asesor y lee herencia de una farmacia.
• Entrada de un socio: el nuevo cotitular que paga por su parte genera su propio fondo de comercio por lo que paga. Más en cotitularidad de la farmacia.
• Venta: para el vendedor, el fondo de comercio que se deducía reduce su valor de adquisición y aumenta la ganancia. Lo tienes en cómo vender una farmacia.

Reducción del 20 % por inicio de actividad

Si es tu primera actividad económica (o no tuviste ninguna el año anterior), puedes reducir un 20 % el rendimiento neto positivo del primer año en que sea positivo y del siguiente (art. 32.3 de la Ley del IRPF). Con la amortización del fondo de comercio y los intereses del préstamo, el primer año suele salir bajo o negativo, así que la reducción suele aplicarse en los años siguientes. El resto de impuestos del titular, en fiscalidad de la farmacia.

Errores frecuentes con el fondo de comercio

Para llevar todo esto bien en los libros: contabilidad de la farmacia.

Preguntas frecuentes

¿Se puede amortizar el fondo de comercio de una farmacia?

Sí. En el IRPF del titular en estimación directa es deducible con el límite anual del 5 % de su importe, es decir, en 20 años como mínimo.

¿Cuánto se amortiza al año el fondo de comercio?

Como máximo el 5 %, la veinteava parte, según el artículo 12.2 de la Ley del Impuesto sobre Sociedades, aplicable al IRPF por el artículo 28 de la Ley del IRPF.

¿Cómo se calcula el fondo de comercio de una farmacia?

Restando al precio total el valor de las existencias y del mobiliario y los equipos. Lo que queda es el fondo de comercio.

¿Se amortiza el fondo de comercio de una farmacia heredada?

No hay precio pagado y el tratamiento cambia. Antes de deducir nada, revísalo con tu asesor.

¿Las existencias se amortizan?

No. El stock que compras con la farmacia es una compra: se convierte en gasto a medida que lo vendes.

Fuentes

• Agencia Tributaria: reglas de amortización en estimación directa (fondo de comercio, 5 %).
• BOE: Ley 27/2014 del Impuesto sobre Sociedades (art. 12.2).
• BOE: Ley 35/2006 del IRPF (arts. 28 y 32.3).
• Dirección General de Tributos: consulta vinculante V1180-19.